2016年1月，甲公司自行研發(fā)了一項新生產技術，研發(fā)總支出1000萬元，其中進項稅額100萬元。
第一種情形：直接轉讓境內乙公司，取得轉讓價款1500萬元。
根據《財政部 國家稅務總局關于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）的規(guī)定，納稅人提供技術轉讓、技術開發(fā)和與之相關的技術咨詢、技術服務，免征增值稅。
下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：用于簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物、加工修理修配勞務、服務、無形資產和不動產。其中涉及的固定資產、無形資產、不動產，僅指專用于上述項目的固定資產、無形資產（不包括其他權益性無形資產）、不動產。
由于甲公司轉讓給乙公司的技術1500萬元，免征增值稅，所以這項技術研發(fā)過程中的進項稅額100萬元，屬于專用于免稅項目，不允許抵扣增值稅銷項稅額。
第二種情形：轉讓境內丙公司，取得轉讓價款1500萬元，并且甲公司也使用該項新技術生產產品。
根據財稅〔2016〕36號文件規(guī)定，甲公司轉讓給丙公司的技術1500萬元，免征增值稅，由于甲公司也使用該項新技術生產產品，而生產的產品屬于應稅產品，不屬于專用于免稅項目，屬于免稅項目與應稅項目的混用，所以這項技術研發(fā)過程中的進項稅額100萬元，允許抵扣增值稅銷項稅額。
第三種情形：直接轉讓境外丁公司，取得轉讓價款1500萬元。
根據《財政部 國家稅務總局關于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）附件4：跨境應稅行為適用增值稅零稅率和免稅政策的規(guī)定，中華人民共和國境內的單位和個人轉讓技術適用增值稅零稅率。
因此，甲公司轉讓境外丁公司的技術1500萬元，稅率為0，這項技術研發(fā)過程中的進項稅額100萬元，允許抵扣增值稅銷項稅額。